全新A3配备了众多先进的电子安全辅助系统，除了最新版本的ESC，还可以选装ACC和预防式整体安全系统（pre sense front），以及盲区警示系统，能大幅提高主动安全性能。被动安全方面，新A3的车架有26%的区域采用了超高强度的热成型钢，这是业内相当领先的水平。在2012年的欧洲E-NCAP的碰撞测试中，全新一代A3获得了五星的安全评价，不过当时参与测试的车型是一台三门掀背版本，车身结构安全性不能完全等同于国内主售的四门三厢版。