由于溜背式的车顶，宝马X6的行李箱标准容积仅为580L，这个数据在同价位的SUV中并不占太大优势，和自家兄弟宝马X5相比也没有任何优势。而且溜背的车尾决定了它不具有“超高”模式来扩容。不过后排座椅支持2：1：2放倒，而且底部还带有滑轨，可根据物品的大小灵活的调节阻隔网的位置。除此之外，行李箱里也有很多能提升日常使用便利性的小细节，如电源接口、小挂钩、网兜等部件，也增加了行李箱的功能性。

而实际测量过程中，宝马X6的行李箱却没有想象中的那么不堪，可以放入两个大尺寸的行李箱和一个小尺寸的行李箱，整体表现和一款中级轿车差不多。

虽然宝马X6配备的是缺气保用轮胎，但在行李箱内还是配备了一个临时备胎，让人心里会觉得更多一份保障。而值得赞扬的一点是，备胎上面的盖板也用了液压挺杆，相当讲究。