CR-Z全车的窗线设计都很特别：前风挡的弧度非常大，加上黑色的A柱，使得风挡、天窗、侧窗连成一体，营造出太空舱的视觉感。设计师表示这块大弧度风挡对降低风阻和风噪大有好处，CR-Z的风阻系数约为cd0.30，是同级车中较低的数值（短小的车身很难做到再低的风阻）。

实用性也被兼顾：A柱尺寸特别经细化（用上高强度材料保证刚度），侧窗下缘刻意降低，保证了良好的日常驾驶视野。侧后窗则为造型风格作出了牺牲，视野狭窄，但考虑到CR-Z的后座基本不坐人，其实无伤大雅。

【1988年第二代CR-X的分离式后窗在当时是超级前卫的】

上下分离式的尾窗是CR-Z的显著特色。有人会指出丰田普锐斯、雪铁龙C4轿跑早已有类似设计，但实际上本田早在1988年第二代CR-X上就应用了分离式后窗，虽然我不肯定那是世界首创，但由此可见CR-Z的后窗设计并不纯是为了赶潮流，还含有向前辈致敬的意味。